법인의 결손금 공제제도

 

 

결손금 공제제도

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법인세는 사업연도 단위로 과세한다.

이러한 기간과세제도에서는 어떤 사업연도에는 결손금이, 또 다른 사업연도에서는 소득이 발생할 수 있다.

결손금은 다른 사업연도의 소득에서 공제해야 한다.

결손금을 공제하지 않으면 소득이 매년 일정하게 발생하는 법인과 경기에 따라 변동하는 법인 간에 과세형평을 유지할 수 없기 때문이다.

이에 따라 법인세법은 결손금공제제도를 두고 있다.

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결손금공제제도는 소급공제와 이월공제로 나누어진다.

소급공제(carry back)는 결손금을 그 전 사업연도의 과세표준에서 공제하여 이미 납부한 세액을 환급하는 제도이고,

이월공제(carry forward)는 결손금을 그 후 사업연도의 소득에서 공제하여 납부할 세액을 감소시키는 제도이다.

불경기에는 많은 기업에 결손금이 발생하여 조세수입이 감소한다.

이 경우 소급공제로 세액을 환급하면 정부의 재정이 악화될 수 있으므로 소급공제대상을 중소기업이 소급공제신청을 한 경우로 한정하고, 공제기간도 직전 사업연도1)로 제한하고 있다.

반면, 이월공제는 모든 법인을 대상으로 하고 신청에 관계없이 무조건 적용하며, 이월공제기간을 15년으로 하고 있다.

1) 기획재정부에서 발표한 세법개정안에 따르면, 유동성 위기로 인하여 경영상 어려움을 겪고 있는 중소기업을 지원하기 위해 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 발생한 중소기업 결손금에 대하여 환급 특례 허용기간을 직전 과세연도에서 직전 과세연도 및 직전전 과세연도로 확대한다고 한다(조특법 개정안 §8의 4 참조).

□ 조세특례제한법 개정안 제8조의 4(중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급 특례)

  「소득세법」 제85조의 2 및 「법인세법」 제72조를 적용하는 경우로서 중소기업을 영위하는 내국인이 2021년 12월 31일이 속하는 과세연도에 같은 조에 따른 결손금이 발생한 때에는 같은 조에도 불구하고 직전 과세연도 및 직전전 과세연도의 소득(거주자의 경우에는 해당 중소기업의 사업소득에 한한다)에 대하여 과세된 소득세액 또는 법인세액을 한도로 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청 할 수있다.

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□ 소급공제와 이월공제의 비교

구분	소급공제	이월공제
의의	결손금을 그 전 사업연도의 소득금액에서 공제하여 이미 납부한 세액을 환급받는 제도	손금을 그 후 사업연도의 소득금액에서 공제하여 납부할 세액을 감소시키는 제도
대상법인	중소기업	모든 법인
대상기간	직전 사업연도	15년
공제신청	신청요건	강제공제
공제한 결손금	결손금 소멸	결손금 소멸

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결손금의 범위

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결손금의 개념

결손금이란 각 사업연도의 손금총액이 익금총액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액으로서 법인이 신고하거나 결정ㆍ경정되거나 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금을 말한다(법법 §13 1호).

종전에는 신고 또는 결정ㆍ경정ㆍ수정신고하지 않아도 법인세법에 따라 계산한 결과 결손금이 발생한 경우 결손금을 공제하였으나, 2010.1.1.부터는 법적안정성을 제고하기 위하여 신고 등으로 확정되지 않은 결손금은 공제하지 않도록 법인세법을 개정하였다.

결손금은 기장한 경우에만 발생되므로 장부를 기장하지 않아서 추계결정ㆍ경정하는 경우에는 결손금이 발생될 수 없다.

추계결정ㆍ경정하는 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하면 초과액은 없는 것으로 보기 때문이다(법령 §104 ② 1호).

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결손금 범위의 유의사항

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비영리법인과 외국법인의 공제대상 결손금

비영리법인은 수익사업의 소득만을 과세하므로 결손금도 수익사업에서 생긴 것만을 말하며(법칙 §4 ①), 외국법인은 국내원천소득만 과세하므로 결손금도 국내에서 발생한 것만을 말한다(법법 §91 ① 1호).

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법인세가 면제되는 사업에서 발생한 결손금

면제사업과 과세사업을 겸영하는 법인에 있어서 면제사업에서 생긴 결손금이 과세소득을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액을 해당 법인의 결손금으로 한다. 이와 반대의 경우에도 또한 같다(법기통 14-0…3).

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당기순이익 과세법인

당기순이익 과세법인2)은 결손금공제를 받을 수 없다.

그러나 당기순이익 과세법인이 당기순이익 과세포기 등의 사유로 당기순이익 과세법인에서 제외된 경우 당기순이익 과세법인에서 제외된 사업연도 이후에 발생한 결손금은 이월결손금으로 공제한다(법집 13-10-2 ①).

   2) 신용협동조합, 새마을금고 등의 법인은 결산재무제표상 당기순이익(법인세 등을 공제하지 아니한 당기순이익을 말함)에 접대비손금불산입 등 법령에 정한 몇 가지 손금에 관한 세무조정사항만 합한 금액에 9%(20억원 초과분은 12%)의 세율을 곱하여 과세한다. 이와 같이 법인세를 과세하는 법인을 당기순이익과세법인이라고 한다(조특법 §72).

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결손금 이월공제제도

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이월결손금 공제방법

이월결손금이란 과거에 발생한 결손금이 미공제되어 당해 사업연도로 이월된 것을 말한다. 이월결손금은 과세표준 계산 시 각 사업연도 소득금액에서 공제한다.

각 사업연도 소득금액 － 이월결손금 － 비과세소득 － 소득공제 = 과세표준

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공제요건

과세표준 계산 시 공제하는 이월결손금은 공제기간 내에 발생한 세무상 결손금 중 미공제분을 말한다.

① 세무상 결손금일 것 :

   결손금은 회계상 결손금과 세무상 결손금이 있다. 세무상 결손금만 과세표준 계산상 공제하므로 회계상 결손금은 공제대상이 아니다.

② 공제기간 내에 발생된 것일 것 :

   결손금 공제기간은 처음에는 5년이었으나, 2009.1.1.부터 2019.12.31.까지의 기간에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 10년, 2020.1.1. 이후 개시한 사업연도에 발생한 결손금은 15년으로 공제기간이 연장되었다.

구분	2008.12.31. 이전에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금	2009.1.1.부터 2019.12.31.까지의 기간에 발생한 결손금	2020.1.1. 이후 개시한 사업연도에서 발생한 결손금
공제기간	5년	10년	15년

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결손금 이월공제기간의 확대

종전에는 결손금을 10년간 이월공제하였으나, 코로나19 피해기업을 지원하기 위하여 2020.1.1. 이후 개시한 사업연도에 발생한 결손금부터 결손금 이월공제기간을 10년에서 15년으로 확대하였다.

이월결손금 공제기한 연장 효과는 2020년에 발생한 결손금이 10년이 지나는 2031년부터 발생한다.

구분	2021년~2030년	2031년	2032년	2033년	2034년	2035년 이후
이월결손금 공제	직전 10년분	직전 11년분	직전 12년분	직전 13년분	직전 14년분	직전 15년분

이월공제기한이 지난 이월결손금은 과세표준 계산상 공제할 수 없으나, 자산수증이익과 채무면제이익으로 보전하면 익금불산입 혜택은 받을 수 있다

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③ 미공제분일 것 :

   결손금의 공제로 인하여 법인세 절감혜택을 받은 경우에는 결손금이 소멸된다.

   세무상 결손금의 소멸사유는 다음과 같다.

㉮ 소급공제한 경우

㉯ 과세표준 계산상 공제한 경우

㉰ 자산수증이익과 채무면제이익으로 보전한 경우

㉱ 채무의 출자전환으로 인한 채무면제이익을 이월하여 결손금 보전에 충당한 경우

   결손금을 주식발행초과금ㆍ감자차익ㆍ합병차익ㆍ분할차익 등으로 보전하는 것은 회계상 결손보전이므로 세무상 결손금은 소멸되지 아니한다(법집 13-10-1 ③).

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□ 이월결손금의 비교

구분	결손금 성격	공제기한	공제 시 소멸 여부
① 과세표준 계산상 공제하는 이월결손금	세무상	15년 이내발생분	소멸
② 기부금한도액 계산상 공제하는 이월결손금	결손금		미소멸
③ 자산수증이익 등의 보전대상 이월결손		발생연도의 제한이 없음	소멸
④ 청산소득금액 계산 시 공제하는 이월결손			소멸

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이월결손금 공제한도

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입법취지

종전에는 이월결손금은 각 사업연도 소득금액을 한도로 공제하였다.

그러나 2016.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터는 중소기업 등 일정한 법인 외의 법인은 이월결손금 공제가 특정 사업연도에 집중되지 않도록 각 사업연도 소득금액의 일정한도 내에서 이월결손금을 공제한다.

이월결손금 공제한도가 설정되더라도 한도초과로 미공제된 금액은 잔여 공제기간 내에 공제할 수 있다.

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이월결손금 공제한도

공제 가능한 이월결손금은 각 사업연도 소득금액의 60%를 한도로 공제한다.

다만, 다음의 법인은 각 사업연도 소득금액의 100%를 한도로 공제한다(법법 §13).

①「조세특례제한법 시행령」 제6조 제1항에 따른 중소기업

②「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제245조에 따라 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인. 회생계획을 이행 중인지는 사업연도 종료일을 기준으로 판단한다(서면-2016-법령해석법인-6027[법령해석과-1560], 2017.6.7.). 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업이 아닌 내국법인이 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」 제245조에 따라 법원의 회생계획 인가결정을 받고 회생계획에 따른 변제를 시작한 후 회생계획 이행을 완료하기 전에 같은 법 제283조 제1항에 라 회생절차 종결결정을 받았으나 법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 경우, 「법인세법 시행령」 제10조 제1항 제1호의 ‘법원이 인가결정한 회생계획을 이행 중인 법인’에 해당한다(서면-2019-법령해석법인-4303, 2020.6.11.; 사전-2020-법령해석법인-1048, 2020.12.4.).

③「기업구조조정 촉진법」 제14조 제1항에 따라 기업개선계획의 이행을 위한 약정을 체결하고 기업개선계획을 이행 중인 법인

④ 해당 법인의 채권을 보유하고 있는 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조 제1호에 따른 금융회사등이나 그 밖의 법률에 따라 금융업무 또는 기업 구조조정 업무를 하는 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관으로서 「한국해양진흥공사법」에 따른 한국해양진흥공사와 경영정상화계획의 이행을 위한 협약을 체결하고 경영정상화계획을 이행 중인 법인. 금융기관 등 채권단과 재무구조 개선약정을 체결한 법인은 「법인세법 시행령」 제10조 제1항 제3호의 경영정상화계획의 이행을 위한 약정에 해당하지 아니한다(서면-2016-법인-4351, 2016.9.30.). 2021년 개정

⑤ 채권, 부동산 또는 그 밖의 재산권(이하 "유동화자산"이라 한다)을 기초로 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권을 발행하거나 자금을 차입(이하 "유동화거래"라 한다)할 목적으로 설립된 법인으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 법인

㉮「상법」 또는 그 밖의 법률에 따른 주식회사 또는 유한회사일 것

㉯ 한시적으로 설립된 법인으로서 상근하는 임원 또는 직원을 두지 아니할 것

㉰ 정관 등에서 법인의 업무를 유동화거래에 필요한 업무로 한정하고 유동화거래에서 예정하지 아니한 합병, 청산 또는 해산이 금지될 것

㉱ 유동화거래를 위한 회사의 자산 관리 및 운영을 위하여 업무위탁계약 및 자산관리위탁계약이 체결될 것

㉲ 2015.12.31.까지 유동화자산의 취득을 완료하였을 것

⑥ 법 제51조의 2【유동화전문회사 등에 대한 소득공제】 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이나 「조세특례제한법」 제104조의 31【프로젝트금융투자회사에 대한 소득공제】 제1항에 따른 내국법인

⑦「기업 활력 제고를 위한 특별법」 제10조에 따른 사업재편계획 승인을 받은 법인

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□ 이월결손금 공제한도

구분		2015년 이전	2016년	2017년	2018년	2019년 이후
개별납세방식	중소기업 등 일정한 내국법인(법법 §13)	100%	100%	100%	100%	100%
	위 외의 내국법인(법법 §13)	100%	80%	80%	70%	60%
	외국법인(법법 §91 ①)	100%	100%	80%	80%	60%
연결납세방식	중소기업 등 일정한 연결법인(법법 §76의 13 ①)	100%	100%	100%	100%	100%
	중소기업 등 일정한 법인이 아닌 연결법인(법법 §76의 13 ①)	100%	80%	80%	80%	60%

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이월결손금공제 순서

여러 사업연도에서 이월결손금이 발생한 경우에는 먼저 발생한 사업연도분부터 순차적으로 공제한다(법령 §10 ②).

법인이 이월결손금 공제순서를 임의로 선택하여 공제할 수 없다.

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추계결정ㆍ경정하는 경우 이월결손금공제 배제

추계결정ㆍ경정하는 경우에는 이월결손금을 공제하지 않으나, 천재지변 등으로 장부 기타 증명서류가 멸실되어 추계결정ㆍ경정하는 경우에는 예외로 한다(법법 §68).

추계로 인하여 공제되지 아니한 이월결손금은 그 후의 사업연도에 공제할 수 있으므로 추계결정ㆍ경정하는 경우에는 공제기간이 그냥 1년 경과되는 불이익이 있다.

추계 시 이월결손금을 공제하지 않는 것은 기장을 유도하기 위한 것이다.

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결손금 소급공제제도

결손금 소급공제는 다음 요건을 모두 충족한 경우에 적용한다(법법 §72 ①).

① 결손금이 발생한 사업연도에 「조세특례제한법 시행령」 제2조에 따른 중소기업일 것 :

   결손금이 발생한 사업연도에 중소기업인 경우에는 직전 사업연도에 중소기업이 아닌 때에도 결손금 소급공제를 받을 수 있다(법인-624, 2009.5.28.).

직전 사업연도(소득 발생)	당해 사업연도(결손금 발생)	소급공제 여부
비중소기업	중소기업	소급공제 가능
중소기업	비중소기업	소급공제 불가

   연결납세방식을 적용하는 내국법인은 중소기업인 경우에도 결손금소급공제 규정을 적용하지 아니한다(서면-2019-법인-3964[법인세과-13952], 2020.4.13.).

   이는 연결납세방식을 적용하는 법인의 결정ㆍ경정ㆍ징수 및 환급에 관하여 「법인세법」 제76조의 20에 열거된 규정만 개별납세방식을 준용하는데, 그 규정에서 「법인세법」 제72조[중소기업의 결손금 소급공제에 따른 환급]을 준용한다는 규정이 없기 때문이다.

   또한 외국법인의 국내지점도 소급공제규정을 적용하지 아니한다(법인세과-780, 2009.7.13.).

② 전기 및 당기 법인세를 기한 내에 신고하였을 것 : 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 법인세를 신고기한까지 신고하였을 것.

   이는 성실납세법인만 소급공제대상으로 하겠다는 의미이다.

   전기 및 당기 법인세를 신고하지 않았거나 기한 후 신고한 법인은 결손금소급공제대상이 아니다.

③ 환급신청할 것 :

   결손금 소급공제에 따른 환급을 받으려는 법인은 법인세 신고기한 내에 소급공제 법인세액환급신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함함)하여야 한다(법법 §72 ②).

   납세지 관할 세무서장은 결손금소급공제환급신청을 받으면 지체 없이 환급세액을 결정하여 「국세기본법」 제51조 및 제52조에 따라 환급하여야 한다(법법 §72 ③).

   결손금소급공제는 신청을 요건으로 하므로 법인세 신고기한까지 결손금소급공제에 의한 환급을 신청하지 않은 경우에는 경정청구절차에 의해 환급신청서를 제출해도 결손금소급공제에 의한 환급을 받을 수 없다(법기통 72-110…1 ②).

   또한 소급공제 법인세액 환급신청을 하지 아니한 경우에는 경정에 의해 납부세액이 발생한 경우에도 결손금소급공제에 의한 환급을 적용받을 수 없다(법인 46012-1314, 2000.6.7.).

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소급공제신청할 결손금

결손금 중 얼마를 소급공제할 것인지는 법인의 의사에 달려 있다.

법인이 결손금소급공제환급신청서에 소급공제받을 결손금을 기재하여 제출하면, 그 금액을 소급공제하고, 잔액은 이월공제한다.

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소급공제기간

결손금 소급공제기간은 직전 사업연도이다. 직전 사업연도가 6개월인 경우 소급공제기간이 6개월(직전 사업연도)인지 아니면 1년인지에 대한 의문이 있을 수 있다.

그러나 사업연도는 「법인세법」에 따라 판단하므로 직전 사업연도인 6개월이 소급공제기간이다(서이 46012-10960, 2002.5.6.).

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결손금 소급공제 환급세액의 계산

결손금소급공제를 하는 경우 전기의 소급공제 전 산출세액과 소급공제 후 산출세액의 차액을 환급세액으로 하되, 납부한 세액을 한도로 한다. 이를 산식으로 표시하면 다음과 같다(법령 §110 ①ㆍ②).

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환급세액 : Min[①, ②]

① 직전 사업연도 산출세액*1 - 직전 사업연도 과세표준-소급공제결손금)×직전 사업연도 세율*2

     ↳ 소급공제 전 산출세액     ↳ 소급공제 후 산출세액

② 한도액 : 직전 연도 산출세액-직전 연도 감면공제세액

   *1 산출세액에는 토지 등 양도소득에 대한 산출세액은 제외한다.

   *2 직전 사업연도 세율은 직전 사업연도에 당해 법인의 과세표준에 실제로 적용된 법인세율을 말한다(서면2팀－1477, 2005.9.16.).

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환급세액은 산출세액 차액이므로 토지 등 양도소득에 대한 법인세ㆍ가산세ㆍ추가납부세액은 결손금소급공제를 해도 환급되지 않는다.

소급공제를 받은 결손금은 소멸된 것으로 보므로 그 후 이월공제를 하거나 소급공제를 받을 수 없다(법법 §72 ① 및 법령 §110 ①).

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결손금 소급공제 환급세액을 추징하는 경우

납세지 관할 세무서장은 다음의 경우에 환급세액("①"과 "②"는 과다환급세액)에 이자상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다(법령 §110 ④).

구분	추징세액
① 결손금이 감소된 경우	과다환급세액*＋이자상당액**
② 직전 사업연도의 법인세의 과세표준이 세액이 경정됨으로써 환급세액이 감소된 경우	과다환급세액＋이자상당액**

③ 중소기업이 아닌 법인이 소급공제받은 경우

환급세액 전액＋이자상당액**

 

   * 결손금을 일부만 소급공제받은 경우에는 이월공제분부터 먼저 감소된 것으로 본다. 결손금이 감소된 경우 과다환급세액은 다음과 같이 계산한다(법령 §110 ④).

     당초 환급세액 × 소급공제 결손금 중 감소액 / 소급공제 결손금

  ** 이자상당액은 다음과 같이 계산한다(법령 §110 ④).

     이자상당액 = 환급취소세액 × 일수*1 × 0.025%*2ㆍ*3

   *1 일수 : 당초 환급세액의 통지일의 다음 날부터 환급취소세액의 고지일까지의 기간

   *2 납세자가 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 있는 때에는 「국세기본법 시행령」 제43조의 3 제2항 본문에 따른 이자율(현재 연 1.2%)을 적용한다.

   *3 2019.2.12. 전에 납부기한이 지났거나 환급받은 경우로서 2019.2.12. 이후 납부 또는 부과하는 경우 그 납부기한 또는 환급받은 날의 다음 날부터 2019.2.11.까지의 기간에 대한 이자율은 개정규정에도 불구하고 종전의 규정(일 0.03%)에 따른다.

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환급세액의 재결정

납세지 관할 세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초 환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다환급세액을 징수하여야 한다(법법 §72 ⑥).

따라서 결손금소급공제에 의한 환급 후 경정으로 직전 사업연도의 법인세 과세표준이 증가한 경우(법집 72-110-4, 법인 46012-1644, 2000.7.26.) 및 결손금이 발생한 사업연도의 결손금이 증가된 경우(재법인 46012-189, 2000.11.22.)에도 추가로 결손금소급공제를 받을 수 있다.

그러나 당초 환급세액을 재결정함에 있어서 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우 그 초과결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다(법령 §110 ⑤).

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결손금 소급공제에 따른 법인지방소득세의 환급

개요

종전에는 지방소득세는 부가세(surtax)이므로 결손금소급공제에 따른 환급으로 인하여 법인세액이 달라진 경우에는 별도의 환급신청을 하지 않아도 결정ㆍ경정 또는 환급세액에 따라 지방소득세를 환급하거나 추징하였다.

그러나 2014.1.1. 이후 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립되는 분부터 지방소득세는 부가세에서 독립세로 개편되었으므로 법인지방소득세를 환급받기 위해서는 법인세에 대한 결손금소급공제환급신청과 별도로 「지방세법」에 따라 지방소득세에 대한 결손금소급공제환급신청을 하도록 하였다.

이와 같이 법인세와 법인지방소득세의 결손금 소급공제를 각각 신청하도록 되어 있으나 법인세에 대한 환급신청만 하고 지방소득세에 대한 환급신청을 별도로 하지 않는 사례가 빈번히 발생하여 다시 「지방세법」을 개정하여 2016.1.1. 이후 결손금소급공제를 신청하는 분부터는 세무서장에게 「법인세법」에 따라 결손금 소급공제 환급을 신청한 경우에는 지방소득세에 대한 환급을 신청한 것으로 보도록 하였다(지법 §103의 28 ②).

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□ 법인지방소득세의 결손금소급공제의 신청규정

구분	2013.12.31. 이전 납세의무 성립분	2014.1.1. 이후 납세의무 성립분부터	2016.1.1. 이후 소급공제 신청분부터
법인지방소득세에 대한 결손금소급공제 신청	법인세에 대한 결손금소급공제를 신청하면 법인지방소득세는 별도의 신청 불필요	법인세에 대한 결손금소급공제를 신청한 경우에도 지방소득세에 대한 환급신청을 별도로 하여야 함.	법인세에 대한 결손금소급공제를 신청하면 법인지방소득세도 환급신청한 것으로 봄. → 신청불필요

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환급요건

법인지방소득세에 대한 결손금소급공제는 다음 요건을 모두 충족한 경우에 적용한다(지법 §103의 28).

① 「법인세법」에 따라 결손금소급공제 환급신청을 제출한 경우일 것

② 전기 및 당기 법인지방소득세를 기한 내에 신고하였을 것

③ 환급신청할 것 :

   내국법인이 법인지방소득세 신고기한(사업연도 종료일부터 4개월 이내)까지 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 환급신청을 할 것.

   다만, 내국법인이 세무서장에게 「법인세법」에 따라 결손금소급공제 환급을 신청한 경우에는 지방소득세에 대한 환급을 신청한 것으로 본다.

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환급세액 계산

법인지방소득세에 대한 결손금소급공제를 하는 경우 다음의 세액을 환급한다(지령 §100의 18 ②).

환급세액 : Min[①, ②]

① 직전 연도 법인지방소득세 산출세액-(직전 연도 법인지방소득세 과세표준-소급공제결손금)×직전 연도 법인지방소득세 세율

② 한도액 : 직전 연도 법인지방소득세 산출세액-직전 연도 법인지방소득세 감면공제세액

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결손금소급공제 환급세액의 추징

납세지 관할 지방자치단체의 장은 법인지방소득세를 환급받은 내국법인이 다음에 해당하는 경우에는 그 환급세액("①"과 "②"는 과다환급세액)에 이자상당액을 가산한 금액을 해당 결손금이 발생한 사업연도의 법인지방소득세로서 징수한다(지법 §103의 28, 지령 §100의 18 ⑤).

구분	추징세액
① 결손금이 감소된 경우	과다환급세액*＋이자상당액**
② 직전 사업연도의 법인세의 과세표준이 세액이 경정됨으로써 환급세액이 감소된 경우	과다환급세액＋이자상당액**
③ 중소기업이 아닌 법인이 소급공제받은 경우	환급세액 전액＋이자상당액**

* 결손금의 일부만을 소급공제받은 경우에는 이월공제분부터 먼저 감소된 것으로 본다. 결손금이 감소된 경우 과다환급세액은 다음과 같이 계산한다(지령 §100의 18 ④).

  당초 환급세액 ×  소급공제 결손금 중 감소액/소급공제 결손금

** 이자상당액은 다음과 같이 계산한다(지령 §100의 18 ⑤).

   이자상당액 = 환급취소세액 × 일수*1 × 0.025%*2ㆍ*3

   *1 일수 : 당초 환급세액의 통지일의 다음 날부터 환급취소세액의 고지일까지의 기간

   *2 납세자를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 때에는 국세환급가산금 이자율을 적용한다(지령 §100의 18 ⑤ 2호 단서, 지령 §34).

   *3 2019.2.12. 전에 납부기한이 지났거나 환급받은 경우로서 2019.2.12. 이후 납부 또는 부과하는 경우 그 납부기한 또는 환급받은 날의 다음 날부터 2019.2.11.까지의 기간에 대한 이자율은 개정규정에도 불구하고 종전의 규정(일 0.03%)에 따른다.

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전기 법인지방소득세 경정 시 환급세액 재결정

납세지 관할 지방자치단체의 장은 당초환급세액을 결정한 후 해당 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인지방소득세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액 상당액을 징수하여야 한다.

당초환급세액을 재결정할 때에 소급공제 결손금액이 과세표준금액을 초과하는 경우에는 그 초과 결손금액은 소급공제 결손금액으로 보지 아니한다(지령 §100의 18 ⑥ㆍ⑦).

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농어촌특별세의 환급

결손금소급공제를 신청하는 경우에도 농어촌특별세는 환급되지 않는다(서이 46012-10328, 2001.10.10.)

 

사례)  중소기업인 ㈜한공의 결손금소급공제에 대한 자료는 다음과 같다.

⑴ ㈜한공의 제1기(2020.1.1.~2020.12.31.)의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준은 300,000,000원, 산출세액은 40,000,000원(토지 등 양도소득에 대한 법인세 12,000,000원 불포함), 공제ㆍ감면된 법인세액은 15,000,000원이었다.

⑵ ㈜한공은 법인세 과세표준 신고기한 내에 제1기의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 각각 신고하였다.

<요구사항>

1. 중소기업인 ㈜한공은 제2기(2021.1.1.~2021.12.31.)에 법정기한 내에 법인세 신고를 하면서 결손금 120,000,000원 중 100,000,000원에 대한 소급공제 신청서를 제출하려고 한다. 결손금소급공제로 환급받는 법인세액을 계산하시오.

2. ㈜한공이 100,000,000원의 결손금소급공제를 신청하여 20,000,000원의 법인세를 환급받았다. 다음 각 상황별로 환급취소세액(이자상당액 포함)을 구하시오.

   다만, 환급세액통지일의 다음 날부터 법인세 고지일까지의 기간은 100일이며, ㈜한공이 법인세액을 과다하게 환급받은데 정당한 사유가 없다.

⑴ 관할 세무서의 경정에 따라 제2기 사업연도의 결손금이 120,000,000원에서 70,000,000원으로 경정된 경우

⑵ 제1기 사업연도의 과세표준과 세액이 다음과 같이 경정된 경우

구 분	신 고	경 정
① 과세표준	300,000,000	250,000,000
② 산출세액	40,000,000	30,000,000
③ 감면공제세액	15,000,000	8,500,000
④ 가산세	-	1,000,000
⑤ 총부담세액	25,000,000	22,500,000

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해답)

1. 결손금소급공제 환급세액 : Min[①, ②]=20,000,000

① 환급세액 : 40,000,000-(300,000,000-100,000,000) ×세율=40,000,000-20,000,000=20,000,000

② 환급한도 : 40,000,000-15,000,000 = 25,000,000

2. 환급취소세액과 이자상당액 계산

⑴ 제2기 결손금이 7천만원으로 경정된 경우 환급취소세액과 이자상당액 : 6,150,000원

① 환급취소세액

   환급세액 × 소급공제결손금 중 감소액  = 20,000,000 × 30,000,000 = 6,000,00

   소급공제결손금 100,000,000

   ※ 결손금 120,000,000원이 70,000,000원으로 경정되었으므로 결손금감소액은 50,000,000원이다.

      결손금은 이월공제분부터 감소하므로 이월공제액 20,000,000원과 소급공제분 30,000,000원이 감소된 것이다.

② 이자상당액 : 6,000,000 × 100 × 0.025% = 150,000

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⑵ 제1기의 과세표준과 세액이 경정된 경우

① 당초환급세액 : 20,000,000

② 경정환급세액 : Min[㉮, ㉯] = 15,000,000

㉮ 환급세액 : 30,000,000-[(250,000,000-100,000,000)×10%] = 15,000,000

㉯ 환급한도 : 30,000,000-8,500,000=21,500,000

③ 환급취소세액과 이자상당액 : 5,125,000

㉮ 환급취소세액 : 20,000,000-15,000,000=5,000,000

㉯ 이자상당액 : 5,000,000 × 100 × 0.025% =125,000

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자산수증이익과 채무면제이익 중 이월결손금의 보전에 충당된 금액의 익금불산입제도

입법취지

과세표준 계산상 공제하는 이월결손금은 해당 사업연도 이전 15년(2008.12.31. 이전 개시한 사업연도에서 발생한 결손금 5년, 2009.1.1.부터 2019.12.31.까지의 기간 중에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금 10년) 이내에 개시한 사업연도에서 발생된 것이어야 한다.

이러한 공제시한이 지난 이월결손금이 있는 법인에 대주주 등이 재무구조를 개선하기 위하여 사재를 출연(出捐, 금품을 내어 도와준다는 뜻)할 수 있다.  

대주주 등이 법인에게 사재를 출연하는 경우 법인의 입장에서는 자산을 증여받은 것이므로 자산수증이익으로 익금에 산입하여야 한다.

그러나 이월결손금은 공제시한이 지난 것이어서 「법인세법」에 별도의 규정을 두지 않으면 자산수증이익이 익금에 산입되어 법인세가 과세될 수 있다.

자산수증이익에 법인세가 과세되면 그만큼 법인의 재무구조 개선이 어려워지므로 대주주 등이 재산출연을 포기하게 되고 법인의 재무구조 개선이 어려워진다.

이에 따라 자산수증이익으로 공제기한이 지난 이월결손금의 보전에 충당하면 그 이월결손금을 소멸시키는 대신, 보전액을 익금에 산입하지 않는 특례규정을 두고 있다(법법 §18 6호).

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익금불산입 요건

무상으로 받은 자산의 가액(「법인세법」 제36조에 따른 국고보조금 등은 제외한다)과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액은 익금에 산입하지 아니한다(법법 §18 6호).

종전에는 국고보조금 등도 무상으로 받은 자산의 가액에 포함되어 이월결손금의 보전대상이었다. 그러나 국고보조금 등은 기업의 국가사업수행 및 정책목적사업의 장려를 위하여 지급받은 것이므로 이월결손금을 보전하기 위하여 지급받은 것이 아니며, 「법인세법」 제36조에 따라 국고보조금 등으로 사업용자산을 취득하면 그 금액을 일시상각충당금(또는 압축기장충당금)으로 손금에 산입하여 과세를 이연할 수있도록 하고 있으므로 이월결손금의 보전에 충당한 금액을 다시 익금불산입할 경우 이중혜택을 받을 수 있다.

이에 따라 2020.1.1. 이후 개시한 사업연도에 지급받은 분부터 「법인세법」 제36조에 따른 국고보조금 등3)은 이월결손금의 보전대상인 자산수증이익에서 제외하였다.

다만, 2010.1.1. 전에 개시한 사업연도(과세기간)에 발생한 결손금 보전에 충당한 경우에는 종전규정을 적용하도록 하였다(2019.12.31. 「법인세법」 개정 부칙 §11).

이는 2010.1.1. 이후 발생한 결손금은 이월공제기간(10년)이 남아 국고보조금 등을 익금산입해도 이월결손금으로 공제 가능한 반면, 2010.1.1. 전에 발생한 결손금은 기간 경과로 공제가 불가능한 점을 고려하여 경과규정을 둔 것이다.

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   3) 법인세법 제36조에 따른 국고보조금 등이란 다음의 법률에 따른 국고보조금 등을 말한다(법령 §64 ⑥).

     ① 「보조금 관리에 관한 법률」

     ② 「지방재정법」

     ③ 「농어촌 전기공급사업 촉진법」

     ④ 「전기사업법」

     ⑤ 「사회기반시설에 대한 민간투자법」

     ⑥ 「한국철도공사법」

     ⑦ 「농어촌정비법」

     ⑧ 「도시 및 주거환경정비법」

     ⑨ 「산업재해보상보험법」

     ⑩ 「환경정책기본법」

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보전대상 이월결손금

자산수증이익과 채무면제이익으로 보전할 수 있는 이월결손금은 다음과 같다(법령 §18).

가. 세무상 결손금(적격합병과 적격분할 시 승계받은 결손금 제외)4)으로서 그 후의 각 사업연도의 공제되지 아니한 금액

    세무상 결손금은 발생연도의 제한 없이 미공제분이면 자산수증이익 등으로 보전할 수 있으나, 적격합병과 적격분할 시 승계받은 결손금은 보전대상이 아니다.

    적격합병과 적격분할 시 승계받은 결손금은 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제하도록 하고 있고, 자산수증이익과 채무면제이익은 기존사업에서 발생한 소득이므로 보전을 허용하지 않는 것이다.

    결손금은 세무상 다음과 같이 공제하여 혜택을 받은 경우에는 소멸되므로, 소멸 후에는 보전대상이 될 수 없다(법집 13-10-1).

     ① 중소기업이 직전 사업연도의 소득에서 소급하여 공제받은 결손금

     ② 과세표준 계산상 공제한 결손금

     ③ 자산수증이익과 채무면제이익으로 이미 보전된 결손금

     ④ 채무의 출자전환에 따른 주식의 발행가액이 시가를 초과하는 금액(채무면제이익)의 보전에 충당한 경우 그 충당된 결손금

        4) 자산수증이익 등은 합병법인의 사업에서 발생한 것인지 피합병법인의 사업에서 발생한 것인지 여부에 관계없이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 보전에 충당할 수 없다(대법원 2017두39822, 2017.7.27.).

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나. 신고된 각 사업연도의 과세표준에 포함되지 아니하였으나, 다음 중 어느 하나에 해당하는 세무상 결손금

     ① 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생계획인가의 결정을 받은 법인의 결손금으로서 법원이 확인한 것

     ② 「기업구조조정 촉진법」에 의한 기업개선계획의 이행을 위한 약정이 체결된 법인으로서 금융채권자협의회가 의결한 결손금

이는 기업의 회생(回生)을 지원하기 위하여 신고하지 않았지만 법원 등에서 확인한 결손금도 이월결손금의 보전에 충당할 수 있도록 한 특례규정이다.

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자산수증이익 등의 이월결손금 보전에의 충당방법

법인이 자산수증이익 등을 다음의 방법으로 처리했을 때 이월결손금 보전에 충당한 것으로 본다(법집 18-18-2).

① 이월결손금과 직접 상계하는 방법

② 해당 사업연도 결산 주주총회 결의에 의하여 이월결손금을 보전하고 이익잉여금(결손금)처리계산서에 계상하는 방법

③ 기업회계기준에 따라 영업외수익으로 계상하고 「자본금과 적립금조정명세서(갑)」[시행규칙 별지 제50호 서식]에 동 금액을 이월결손금의 보전에 충당한다는 뜻을 표시하고 세무조정으로 익금불산입하는 방법

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이월결손금 보전의 순서

① 이월결손금의 보전순서

   자산수증이익과 채무면제이익을 이월결손금의 보전에 충당하는 경우 이월결손금의 보전은 법인이 임의로 선택하여 보전할 수 없으며, 먼저 발생한 사업연도의 이월결손금부터 먼저 보전하여야 한다(법인 46012-3187, 1993.10.20.).

② 출자전환 채무면제이익과 일반 채무면제이익이 동시에 발생된 경우 이월결손금의 보전순서

   법인이 채무 중 일부는 출자로 전환하고 일부는 면제받음으로써 출자전환 채무면제이익과 일반 채무면제이익이 동시에 발생한 경우 일반 채무면제이익, 출자전환 채무면제이익의 순서로 충당한다(법집 17-0-4 ①, 서면2팀-363, 2008.2.29.).

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<동시에 발생한 채무면제이익의 이월결손금 보전 순서>

① 일반채무면제이익 → ② 출자전환에 따른 채무면제이익

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위와 같이 보전하면 이월결손금의 보전에 충당되지 않고 남은 채무면제이익이 있다면 그 채무면제이익은 출자전환으로 인한 채무면제이익일 것이므로 법인세법 제17조 제2항에 따른 과세이연 혜택5)을 받을 수 있다.

이는 납세자의 재무 상황이 좋지 않은 점을 고려하여 납세자에게 유리하게 해석한 것이다.

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        5) 회생계획인가 등으로 채무를 출자전환하는 경우로서 그 주식 등의 시가(액면가액에 미달하는 경우에는 액면가액)를 초과하여 발행된 금액 중 이월결손금 보전규정을 적용받지 아니한 금액은 해당 사업연도의 익금에 산입하지 아니하고 그 이후의 각 사업연도에 발생한 결손금의 보전(補塡)에 충당할 수 있다(법법 §17 ②).

           이 규정에 따라 내국법인이 익금에 산입하지 아니한 금액 전액을 결손금의 보전에 충당하기 전에 사업을 폐지하거나 해산하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 결손금의 보전에 충당하지 아니한 금액 전액을 익금에 산입한다(법령 §15 ②).

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자산수증이익과 채무면제이익으로 이월결손금을 보전하는 경우 보전 한도

내국법인의 법인세의 과세표준을 계산하는 경우 이월결손금은 각 사업연도 소득의 60%(「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업 등 일정한 법인은 100%)를 한도로 공제한다(법법 §13 ①).

자산수증이익 등으로 이월결손금을 보전하는 경우에도 이월결손금 공제한도가 적용되는가?자산수증이익 등으로 이월결손금을 보전하는 경우에는 보전 한도에 대한 규정이 없으므로 이월결손금의 보전 한도는 없다고 해석해야 한다. 국세청도 "채무면제이익을 「법인세법 시행령」 제18조 제1항에 따른 이월결손금 보전에 충당함에 있어, 해당 이월결손금이 채무면제이익을 초과하는 경우에는 채무면제이익 전액을 이월결손금 보전에 충당할 수 있다"고 해석하고 있다(서면-2017-법령해석법인-0156, 2017.6.8.).

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자산수증이익 등으로 이월결손금을 보전하는 것이 경정청구대상인지 여부

종전에 기획재정부는 법인이 채무면제이익 등을 당해 사업연도 이월결손금에 충당하지 아니하고 법인세를 신고한 경우에는 「국세기본법」 제45조의 2의 규정에 의한 경정 등의 청구에 의하여 익금불산입할 수 없다고 해석(재정경제부, 법인세제과-51, 2005.1.24.)하였고, 국세청은 기획재정부의 해석에 따라 업무를 집행해 왔다.

그러나 대법원은 2012. 11.29.에 "자산수증이익 등이 발생한 연도에 대한 신고 시 이월결손금의 보전에 충당한다는 주장을 하지 않았더라도 경정청구를 할 수 있다"고 판결하였다(대법원 2012두16121, 2012.11.29.).

이 판결에 따라 기획재정부는 2015.2.24.에 법인세 과세표준 신고 시 해당 사업연도에 발생한 자산수증이익을 이월결손금 보전에 충당하지 아니한 경우 경정청구로 해당 자산수증이익을 이월결손금의 보전에 충당하고 익금불산입할 수 있다며 종전의 해석을 변경하였고, 국세청도 경정청구가 가능하다고 해석을 바꾸었다(재법인-118, 2015.2.24., 기준법령법인-16762, 2015.3.10.).